Analiza wszystkich informacji na temat działalności gospodarczej będzie odbywała się w sposób elektroniczny. Przedsiębiorcy zostaną zmuszeni do unowocześnienia swojego systemu informatycznego.
    Do tej pory przedstawiciele urzędu skarbowego przeprowadzali kontrolę w tradycyjny sposób: pojawiali się w firmie i bezpośrednio sprawdzali dokumenty dotyczące prowadzenia działalności gospodarczej. Dzięki zmianom, urzędnicy mają uzyskać łatwiejszy dostęp do danych, poprzez wprowadzenie łatwiejszego do kontroli formatu. Nowe funkcjonalności dadzą możliwość edycji ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych. Zmiany mają za zadanie nie tylko poprawić efektywność kontroli podatkowych, ale również zmniejszyć koszty funkcjonowania administracji podatkowej.
    Ustawodawca liczy na poprawę ściągalności wpływów z podatku VAT. Przewidywane wpływy, związane z wprowadzeniem Jednolitego Pliku Kontrolnego, w pierwszym roku mogą osiągnąć ok. 200 mln zł.
    Na chwilę obecną obowiązek wprowadzenia systemu umożliwiającego wygenerowanie Jednolitego Pliku Kontrolnego należy do przedsiębiorców zatrudniających więcej niż 250 pracowników lub wypracowujących powyżej 50 mln euro obrotu rocznie. Mają oni na to czas do lipca 2016 r. Przewidywany termin wdrożenia zmian w mikro oraz średnich przedsiębiorcach to lipiec 2018 r. Jak zaznacza ustawodawca - termin ten jednak może zostać przyspieszony.
    Zmiany wiążą się z wprowadzeniem nowoczesnych systemów informatycznych do firm. Wdrożenie JPK to koszty rzędu kilku tysięcy złotych. Przedsiębiorcy będą zmuszeni do zagospodarowania w swoich budżetach odpowiednich kwot, które pozwolą im na wprowadzenie właściwego oprogramowania, pozwolą na przeszkolenie pracowników w jaki sposób wygenerować JPK z systemu oraz w jaki sposób poprawnie przesłać plik do właściwego urzędu skarbowego.
    JPK to nie jedyne działania rządu na lata 2014-2017, które mają doprowadzić do uszczelnienia systemu podatkowego. Projekt ustawy budżetowej na 2016 r. przewiduje również wpływy z podatków od towarów i usług. Cały pakiet działań ma w ciągu trzech lat przynieść zysk rzędu 17,4 mld zł do budżetu państwa.